Günter Gaus wurde am 23. November 1929 als Sohn eines Kaufmanns in Braunschweig geboren.
Nach Beendigung der Schule mit dem Abitur studierte er an der Universität München Geschichte und Germanistik. Das Studium beendete er nicht, da er bereits währenddessen als Journalist tätig wurde. 1958 begann Gaus seine Tätigkeit als politischer Redakteur bei dem "Spiegel". 1961 wechselte er zu der "Süddeutsche Zeitung", wo er bis 1965 hauptsächlich durch seine Portraits auf sich aufmerksam machte. Zu dieser Zeit begann er auch regelmäßig beim Zweiten Deutschen Fernsehen (ZDF) zu arbeiten. Am 10. April 1963 wurde die erste Sendung der Interviewreihe "Zur Person - Portraits in Frage und Antwort" ausgestrahlt. Sein erster Gast war der damalige Bundeswirtschaftsminister Ludwig Erhard. Die Reihe führte er später, zum Teil unter anderem Titel, auf unterschiedlichen Sendern fort. Während der Sendung waren immer nur seine Interviewpartner zu sehen, Gaus allemal von hinten, was ihm den Spitznamen "bekanntester Hinterkopf" einbrachte. Zwei Jahre später, 1965, wurde Günter Gaus zum Programmdirektor und stellvertretenden Intendanten des Südwestfunks ernannt.
Im selben Jahr veröffentlichte er sein erstes Buch mit dem Titel "Bonn ohne Regierung? Kanzlerregiment und Opposition", worin er unter anderem den Regierungsstil Ludwig Erhards untersuchte. Für seine Leistungen wurde 1964 und 1965 mit dem Adolf-Grimme-Preis ausgezeichnet. Im Jahr 1966 folgte die Veröffentlichung der Gesprächsaufzeichnungen mit Herbert Wehner, die unter dem Titel "Staatserhaltende Opposition oder hat die SPD kapituliert?" erschienen. Außerdem wurde Gaus Leiter und Moderator des ersten TV-Nachrichtenmagazins "Report". Als Chefredakteur des "SPIEGEL" war er von 1969 bis Ende März 1973 tätig. Während dieser Zeit galt Gaus als wichtiger Befürworter der von Willy Brandt und Egon Bahr initiierten Entspannungspolitik. Bundeskanzler Willy Brandt ernannte Gaus 1973 zum Staatssekretär. Die offizielle Ernennung zum Ständigen Vertreter der Bundesrepublik in der DDR erfolgte nach dem Inkrafttreten des Grundvertrages am 21. Juni 1973. Die Frage der Errichtung der Ständigen Vertretungen der Bundesregierung und der DDR in Ostberlin bzw. Bonn lag wegen unüberbrückbarer Meinungsverschiedenheiten und allgemeiner Verhärtung des Verhandlungsklimas zunächst einige Zeit auf Eis. Das entsprechende Protokoll wurde schließlich Mitte März 1974 in Bonn von Günter Gaus und DDR-Außenminister Kurt Nier unterzeichnet.
Gaus'' Leistungen als "Chefunterhändler" der Bundesregierung umfassen insgesamt 17 Abkommen, die mit der DDR ausgehandelt werden konnten, darunter auch die Verkehrsverträge über den Bau einer neuen Autobahnverbindung zwischen Hamburg und Berlin und die Pauschalierung der Straßennutzungsgebühren im innerdeutschen Reiseverkehr aus dem Jahr 1979. Wegen Differenzen mit Bundeskanzler Helmut Schmidt wurde Gaus als Ständiger Vertreter der Bundesrepublik durch den damaligen Regierungssprecher Klaus Bölling auf dem Posten in Ost-Berlin abgelöst. Danach übernahm er im Januar 1981 das Amt des Wissenschaftssenators im neu gebildeten Berliner Senat um den Regierenden Bürgermeister Hans-Jochen Vogel. Nach den vorgezogenen Wahlen zum Abgeordnetenhaus und dem Erfolg der CDU, die mit der FDP einen neuen Senat unter Richard von Weizsäcker bildete, endete die Amtsperiode von Gaus schon im Juni 1981. Gaus widmete sich nun wieder verstärkt seinen Tätigkeiten als Journalist und Publizist. In seinen Büchern befasste er sich bevorzugt mit der Analyse der Gesellschaften der DDR und der BRD.
Im Oktober 1981 wurde er durch Brandt zum innerdeutschen und außenpolitischen Berater der Internationalen Kommission des SPD-Vorstandes ernannt. 1983 wurde sein Buch "Wo Deutschland liegt - Eine Ortsbestimmung" veröffentlicht. Gaus beschäftigte sich darin mit den von ihm beobachteten Lebensverhältnissen der DDR-"Nischengesellschaft". Das Werk wurde 1987 als "politisches Buch des Jahres" ausgezeichnet. 1984 erschien "Deutschland und die Nato - Drei Reden" mit seinen Überlegungen und Gedanken über die Sicherheitspolitik, 1986 folgte "Die Welt der Westdeutschen. Kritische Betrachtungen", ein Psychogramm der westdeutschen Gesellschaft. Mit dem Ehrenpreis des Adolf-Grimme-Preises wurde Günter Gaus 1988 ausgezeichnet. Nach dem Mauerfall 1989 regte er eine "Deutschland-Konferenz der vier Siegermächte" an. Als Ziel sah er eine zentraleuropäische Konföderation zur ruhigen Entwicklung des deutsch-deutschen Verhältnisses.
Im Jahr 1990 veröffentlichte Gaus die Erzählung "Wendemut", in der er sich erstmals pessimistisch gegenüber der Herstellung der inneren Einheit Deutschlands äußerte. Im selben Jahr wurde er Mitherausgeber der linksorientierten Wochenzeitung "Freitag". 1991 wurde ihm der Deutsche Kritikerpreis verliehen, außerdem wurde er Mitglied im neu gegründeten Rundfunkbeirat der neuen Bundesländer. Erneutes Aufsehen erregte Günter Gaus 1998 mit der Veröffentlichung von "Kein einig Vaterland. Texte von 1991 bis 1998". Im Jahr 2001 trat Gaus nach fast 30jähriger Mitgliedschaft aus der SPD aus. Als Grund dafür nannte er die "uneingeschränkte Solidarität" der Schröder-Regierung gegenüber der USA nach den Terroranschlägen vom 11. September.
Günter Gaus starb am 14. Mai 2004 im Alter von 74 Jahren an einem schweren Krebsleiden. Er hinterließ seine Frau Erika, die er 1955 heiratete, und die gemeinsame Tochter Bettina (1956).