Samuel Freiherr von Pufendorf wurde am 8. Januar 1632 in Dorfchemnitz bei Talheim (Sachsen) als Sohn eines Pastors inmitten des Dreißigjährigen Krieges (1618-1648) geboren.

Nach der Schulzeit im Erzgebirge und einem abgebrochenen Theologiestudium an der Universität Leipzig wandte er sich juristischen, naturphilosophischen und medizinischen Studien zu. An der Universität Jena eignete er sich das philosophische Prinzip des Naturrechts an. 1658 verließ er Jena mit dem Magistertitel, um in der diplomatischen Gesellschaft Kopenhagens eine Hauslehrerstelle anzutreten. Da er infolge des gerade ausgebrochenen dänisch-schwedischen Kriegs an der Ausübung dieser Tätigkeit gehindert wurde, nutzte er den Kopenhagen-Aufenthalt für die Niederschrift seines ersten naturrechtlichen Werkes.

Nach einem kurzen Studienaufenthalt an der niederländischen Universität Leiden erhielt Pufendorf 1661 einen Ruf an die philosophische Fakultät der Universität Heidelberg, wo er ein Ordinariat für Natur- und Völkerrecht, den ersten Lehrstuhl dieser Art in den deutschen Territorien, übernahm. In Heidelberg entwickelte er wesentliche Inhalte seiner Naturrechtslehre und verfassungsrechtliche Überlegungen, die in der Reichsverfassungsschrift von 1667 ("Über die Verfassung des Deutschen Reichs") ihren höchsten und bekanntesten Ausdruck fanden. 1668 wechselte Pufendorf ins schwedische Lund, wo er in der philosophischen und juristischen Fakultät Politik sowie Natur- und Völkerrecht lehrte. Unter der Protektion des schwedischen Königs erreichte er hier mit der Publikation seiner naturrechtlichen Hauptwerke "Über das Natur- und Völkerrecht" (1672) und “Über die Menschen- und Bürgerpflicht nach dem Naturgesetz” (1673) den Höhepunkt seiner wissenschaftlichen Karriere.

Diese Schriften stellten die komplexen ständischen und korporativen Rechtsverhältnisse, die den Menschen der frühen Neuzeit umfingen, erstmals in einem geschlossenen System dar. Daraus erklärt sich die große Bedeutung, die die Naturrechtslehre Pufendorfs noch für die deutsche Aufklärung des 18. Jahrhunderts bis hin zur Rechtskodifizierung in Preußen und Österreich um 1800 haben sollte. Die Ernennung Pufendorfs zum Hofhistoriographen des schwedischen Königs bereicherte ab 1677 sein Werk um historiographische Arbeiten, mit denen er nun seine Naturrechtslehre in der Geschichte nachzuweisen suchte. Die Geschichtsschreibung Pufendorfs blieb explizit politischen Fragen seiner Zeit untergeordnet, indem er die Geschichte an der Verwirklichung der naturrechtlichen Staatsidee maß.

Im Jahr 1688 trat Pufendorf in die Dienste des "Großen Kurfürsten", Friedrich Wilhelm von Brandenburg, über. In dieser Berliner Zeit entstand sein Werk über den noch 1688 verstorbenen Kurfürsten: "Friedrich Wilhelms, des Großen Kurfürsten von Brandenburg Leben und Taten" (1695). Die Schrift erschien als eine der bedeutendsten historiographischen Publikationen des 17. Jahrhunderts jedoch posthum.

Samuel Freiherr von Pufendorf erlag am 26. Oktober 1694 in Berlin einer kurzen und schweren Krankheit.